Что такое map_M.tga и map_R.tga ?
 

Несколько карт содержат этих файлов, некоторые нет - казалось бы, без каких-либо проблем.
Являются ли эти карты необходимы, и по какой причине?
Как их создать?
Может ли кто-нибудь объяснить этот вопрос?

map_T.tga содержит информацию о дорогах и мостах на карте(скорее всего, не только эту информацию, а что то ещё помимо этого).
Об этом файле написано в мануале Кевина П
P.S. Насколько я понял, map_T.tga - это карта текстур, используемых картой

Извиняюсь за опечатку: должно быть map_R.tga.
Исправил и в вопросе, извиняюсь.

map_R.tga эта карта отражений для воды (по-моему).Т.е. кораблики и прочее отражается в воде четче. Она идет с ранними картами в ИЛе.

Причем я заметил размеры его 512Х512 пиксела, квадрат,но с альфа-каналом
Верхний RGB канал абсолютно белый , а вот альфа-канал это уменьшенная
копия черно-белой карты вода-суша Map_C.tga, где серый цвет вода, белый суша.
Кстати несмотря на любые габариты твоей карты - ты ее копируешь и запихиваешь в этот квадрат в альфа-канал, и сохраняешь.