Не столько "правильно использовать", сколько "удобнее использовать"
Дело в том, что
classcheck обнаруживает
все конфликты, в т. ч. и с классами в "заминусованных" папках, что, в общем, не нужно и только усложняет анализ файла
doublon.txt. А эта утилитка, в частности, позволяет очистить
doublon.txt от упоминания этих мнимых конфликтов, для чего нужно установить галочку напротив соответствующего пункта фильтра. Но анализировать даже очищенный
doublon.txt придется все равно самостоятельно