[Karabas-Barabas]

Пересекающиеся классы означают, что это скорее всего правка в родном Иловском классе, само по себе ничего страшного, да и вообще не так важно родной или неродной класс, но, это так же означает что там разные правки (если файлы не совпадают), а это в свою очередь означает, что фичи мода, того что грузится вторым, работать не будут, полность, т.к. второй файл просто игнорируется/не грузится, на сколько это критично уже неизвестно, так что пересекающиеся классы это однозначно не работающий или, что может быть хуже гораздо, неправильно работающий второй мод.
И выход тут единственный - должен остаться только один мод, какой - решать пользователю.

П.С. Есть конечно еще выход - попытаться объединить фичи в одном общем классе, но это уже к создателям модов.