В общем решилась проблема!
Всё дело было в свитчере.
Когда я патчил илу у меня свитчер был включён на 4.08_No mods,поэтому после пропатчивания у меня и вышла чистая 4.09m. Но потом я включил на 4.08 Mods on и пропатчил,то при запуске у меня вышла версия 4.09 с модами.
Советую патчить 4.09 бету,так как многие сервера всё ещё на 4.08