Патчи - это хорошо. Я все эти патчи качал ещё с софтклаба. Успешно смог пропатчить с 1.0R до 4.13.4. Я кое-что обнаружил нехорошее в этих патчах.
Третьи патчи из-за всяких всовываний-превсовываний не работают, после 3.02 игра не запускается, вроде после патча 4.01 игра снова запускается.
Сайт перл-харбор до сих пор жив, на нём можно взять патчи:
http://games.1c.ru/pearl_harbor/link.php?action=patch
Патч 4.05 какой-то странный, там есть files.sfs и какие-то dll, не относящиеся к Илу.